De tweede fase, vroeger "bovenbouw" genoemd, omvat het 4e en 5e leerjaar havo, en het 4e, 5e en 6e leerjaar vwo. Alle leerlingen ontvangen aan het begin van de cursus het examenreglement, het programma van toetsing en afsluiting, en een toelichtende brochure over opzet en bedoeling van het onderwijs in de tweede fase. De school biedt onderwijs in alle profielen aan, zowel op het havo als het vwo.
Het is goed te beseffen dat het (school)examen op het Gerrit van der Veen College reeds in de vierde klas begint. In dit leerjaar worden bepaalde onderdelen of vakken, die op de examenlijst staan, afgesloten met een beoordeling.
Kenmerken van het onderwijs in de tweede fase op het Gerrit van der Veen College zijn:
1. een indeling in vier profielen:
de leerling maakt aan het eind van 3havo en 3vwo een keuze uit vier profielen: natuur & techniek, natuur & gezondheid, economie & maatschappij, alsmede cultuur & maatschappij.
Vanaf het begin zijn de vier profielen onderling gescheiden, zodat een overstap gedurende de vierde klas van het ene profiel naar het andere niet zonder problemen mogelijk is.
Het onderwijs in elk profiel bestaat uit:
- een (voor alle leerlingen gelijk) gemeenschappelijk deel, dat alle leerlingen volgen en de volgende vakken bevat: Nederlands, Engels, Lichamelijke Opvoeding, Maatschappijleer, Culturele en Kunstzinnige Vorming en Algemene Natuurwetenschappen. De drie laatste vakken worden in de vooreindexamenklas afgesloten.
- een profieldeel met de voor het profiel kenmerkende vakken. Voor natuur & techniek zijn dat bijvoorbeeld wiskunde B, natuurkunde en scheikunde; voor economie & maatschappij wiskunde A, economie, aardrijkskunde en geschiedenis.
- een vrij deel, waarin de leerling vrij maar binnen de mogelijkheden van de school een extra examenvak kiest dat niet specifiek is of hoeft te zijn voor zijn profiel.
Alle vakken van het gemeenschappelijk deel, het profieldeel en het vrije deel zijn zogenaamde schoolexamenvakken en tellen mee voor de examenuitslag. De meeste vakken kennen naast een schoolexamen ook een centraal examen aan het einde van de examenklas. Een aantal vakken wordt al in de vierde klas of in 5vwo afgesloten.
2. nadruk op actief en zelfstandig leren door de leerling.
Leerlingen doen in toenemende mate zelfstandig onderzoek, schrijven verslagen en werkstukken. Er wordt verder een groot beroep gedaan op de vaardigheid van het plannen en structuren van het schoolwerk. De leerlingen worden daarbij begeleid door de mentor.
3. onderscheid in theorie- en werklessen:
om de leerlingen ook daadwerkelijk planmatig en zelfstandig te laten werken wordt op het Gerrit van der Veen College bij veel vakken onderscheid gemaakt tussen theorie- en werklessen. Dat wil zeggen dat er lessen zijn, waarin nieuwe stof door de docent wordt uitgelegd en besproken (theorielessen). Daarnaast zijn er lessen, waarin leerlingen onder begeleiding van dezelfde vakdocent zelfstandig werken aan de verwerking en toepassing van de stof. Zij ontvangen daarvoor studiewijzers. Deze laatste lessen worden werklessen genoemd.
Voor beide soorten lessen gelden dezelfde regels, ook wat betreft de aanwezigheidsplicht. Bij een aantal vakken zitten tijdens de werklessen ook leerlingen uit andere leerjaren, die hetzelfde vak en dezelfde docent hebben.
Deze aanpak maakt het mogelijk dat leerlingen veel contacttijd op school doorbrengen, en steeds werken onder begeleiding van hun eigen vakdocent.